Na forma da legislação em vigor, a administração da FAL é exercida sob a supervisão do Diretor Presidente da Instituição Mantenedora - Associação Natalense de Educação e Cultura/ANEC, que tem a competência de prover as condições de funcionamento da Faculdade e zelar pelos princípios filosóficos da Instituição.

Na ANEC, o Diretor Presidente, no exercício de suas funções, conta com o apoio de três Diretorias - a Diretoria Administrativo-Financeira, a Diretoria de Planejamento e a Diretoria Geral-Acadêmica.

Diretor Presidente da ANEC:
Prof. Carlos Vasconcelos de Paula

Diretor Presidente:
Prof. Carlos Eduardo Holder

Diretor Administrativo-Financeiro:
Prof. Carlos José Silveira de Paula.

Diretora de Planejamento:
Profa. Geci Silveira de Paula.

Diretora Geral e Acadêmica:
Profa. Leideana Galvão Bacurau de Farias.

Esta composição estrutural é exercida por um quadro de profissionais com larga experiência na educação superior, responsáveis pelo planejamento, acompanhamento, execução e controle das atividades acadêmicas e administrativas da Instituição.